多肽合成

简述未修饰肽保留时间估计的可行性

利用液相色谱可以获得重复的结果。在相同的实验条件下，除每一次试验之间的微小变化外，样品再分析时，大约同时洗脱了相同的肽。

分离时间的一致性表明，肽在分离过程中参与明确的相互作用，这仅仅取决于所用的实验装置和肽本身的性质(固拓生物试验表明，重复作用只能在相似的实验中出现，而不能延伸到其他实验条件和仪器)。

肽段的性质与氨基酸序列密切相关，因此，在一定的色谱条件下，多肽的保留时间估计应能提供序列保留时间所需的全部信息。

肽段保存时间的重现性

但在现实中，这种预测模型并不像它看上去的那样直接。举例来说，这个模型的一个重要部分就是肽的三维结构。

虽然目前的结构预测方法对于氨基酸短链的三维构象预测非常精确，但是这种方法不能灵活地模拟色谱实验的各种条件。

很多肽会因流动相中有机溶剂的数量而改变其确定性，这一点对于每一肽的保存时间可能具有重要意义。

所以大部分的色谱过程都把多肽保留时间看作是黑盒。

根据这些观测结果，提出了不同的保留时间估计方法。这些方法之一是基于索引的方法。图中显示了此方法背后的主要思想。

保存期估计法

保留期估计基于指标的方法。

以索引为基础的预测方法是用来评价氨基酸序列对肽保留时间的影响。氨基酸的单独贡献通常被称为保留系数，它由一组保留系数组成。

只要得到给定色谱系统的保持率，就可以通过对组成氨基酸的保持率进行简单的计算得到肽的保持期。

实施这个想法的一个方法是，使用一组25个短肽来计算序列中每一个氨基酸和端基的保留系数，并计算它们的保留时间。

用迭代回归来计算系数，只用肽的氨基酸组成来估计系数，而不知道每个氨基酸在序列中的位置。

但由于同一肽序列的重组版已经在RPLC色谱柱上分离，固拓生物提示，需要其他参数来预测更长肽的保留时间。

的确，后来的研究表明，即使是短肽，当氨基酸位于序列的不同位置时，也会得到不同的保留率。

那样的话，固拓生物推测肽序列中的每一个位置都需要一个不同的保留系数。虽然还没有完全理解这一观测的确切化学机制，但许多研究已经确定了个别影响氨基酸保留系数的因素。

举例来说，氨基酸的保留量受多肽的整体疏水性、正电荷数或二级结构元素的存在影响。

此外，色谱设置的变化，如流动相或固定相成分的变化，也会改变肽的洗脱方式。

目前的研究表明，涉及螺旋结构的相互作用是非常复杂的，需要一个复杂的模型来考虑这种相互作用对多肽保留时间的影响。

以索引为基础的方法的局限性是它们优化了特定色谱设置的估计保留时间。

所以，实验条件不同于优化算法中设定的实验条件，其预测能力降低。

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